La digestion commence dans la bouche, d’où l’intérêt de bien mastiquer et de bien insaliver les aliments.
L’homme est omnivore, c’est-à-dire qu’il se nourrit à la fois d’animaux et de végétaux, qui vont lui fournir de l’énergie et les molécules organiques nécessaires au fonctionnement de son organisme. Mais pour être utilisés, ces aliments vont devoir subir toute une série de transformations.
Les glucides, les lipides et les protéines, ayant une structure différente des molécules humaines, ne pourront pas être utilisés tels quels. La première étape du catabolisme va donc être la décomposition de ces grosses molécules en petites molécules assimilables. C’est le rôle de la digestion, qui leur permettra d’être assimilées au niveau de l’intestin grêle. Les protéines vont ainsi être décomposées en acides aminés et en peptides, les glucides en sucres simples et les lipides en acides gras et glycérol. Une fois passées à travers la paroi de l’intestin grêle, ces petites molécules vont rejoindre, pour certaines, la voie sanguine et, pour d’autres, la voie lymphatique.

L’eau, les vitamines, les minéraux et les oligo-éléments sont absorbés sans être dégradés, en passant dans le sang par la muqueuse digestive. Ces transformations entraînent des déchets (résidus alimentaires, métaboliques, bile) qui sont récupérés au niveau du côlon, qui préparera leur excrétion grâce à la flore bactérienne, dont la fonction est de décomposer les molécules restantes que le corps n’est pas capable d’assimiler. Ce périple dure une dizaine d’heures. Il montre bien que chaque nature d’aliment ne se digère pas de la même façon et pas forcément au même endroit.

Une digestion efficace est la clé d’une bonne santé générale. Pourtant, beaucoup ignorent que la manière dont nous associons nos aliments peut influencer la vitesse de digestion, l’absorption des nutriments et même la prévention des inconforts digestifs comme les ballonnements ou les gaz. Adopter des combinaisons alimentaires adaptées peut donc transformer notre bien-être au quotidien.

La digestion implique des enzymes spécifiques pour les différents types de nutriments :
Les protéines nécessitent un environnement acide et des enzymes protéolytiques.
Les glucides demandent un environnement plus alcalin et des enzymes amylolytiques.
Les lipides requièrent des enzymes lipases et la présence de bile pour être digérés correctement.

Lorsque des aliments mal assortis sont consommés ensemble, cela peut ralentir la digestion, provoquer fermentation, ballonnements et malaises digestifs.

Il existe de ce fait des incompatibilités alimentaires, dont trois sont majeures et qu’il faudra éviter :
Séparer les protéines et les glucides complexes
Exemple : éviter de consommer viande + pomme de terre ou poisson + riz dans le même repas.
Les protéines et les glucides demandent des enzymes et un pH différents, ce qui peut ralentir la digestion.
Il est préférable d’associer des protéines faibles (tofu, légumineuses, seitan…) avec un amidon fort (pâtes, pain, riz, avoine, orge, blé), ou des protéines fortes (viande, volaille, poisson, œuf…) avec un amidon faible (céréales sans gluten, patate douce, potimarron, châtaigne).

Associer les protéines avec des légumes
Les légumes cuits ou crus se digèrent rapidement et n’entravent pas la digestion des protéines.
Exemple : poulet rôti avec brocolis ou tofu sauté avec épinards.

Combiner glucides avec légumes
Les légumes apportent fibres et enzymes qui facilitent la digestion des glucides.
Exemple : riz complet avec courgettes sautées ou quinoa avec poivrons.

Limiter les fruits avec les repas lourds
Les fruits se digèrent rapidement et peuvent fermenter s’ils restent trop longtemps avec des protéines ou des féculents.
Astuce : consommer les fruits à jeun ou entre les repas.

Éviter les excès de graisses lors des repas riches en protéines ou glucides
Les graisses ralentissent la vidange gastrique et peuvent accentuer la sensation de lourdeur.
Exemple : privilégier une vinaigrette légère ou un filet d’huile d’olive plutôt qu’une sauce riche en crème ou beurre sur les protéines.

Eviter les aliments acides avec les amidons 
L’acidité empêche la digestion des amidons, ce qui ralentit le processus digestif.
On sépare alors les agrumes, les fruits en général, vinaigre, yaourt, fromage blanc, aliments lacto-fermentés, vin des féculents, céréales et légumineuses.